flora normal tubuh manusia

FLORA NORMAL TUBUH MANUSIA (MIKROBIOTA) A. Pengertian Flora Normal Tubuh Manusia (Mikrobiota) Manusia secara konstan berhubungan dengan beribu-ribu mikroorganisme. Mikrobe tidak hanya terdapat dilingkungan, tetapi juga menghuni tubuh manusia. Mikrobe yang secara alamiah menghuni tubuh manusia disebut flora normal, atau mikrobiota. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mikrobiologi, 2008: 545) Selain itu juga disebutkan bahwa, flora normal adalah kumpulan mikroorganisme yang secara alami terdapat pada tubuh manusia normal dan sehat. Kebanyakan flora normal yang terdapat pada tubuh manusia adalah dari jenis bakteri. Namun beberapa virus, jamur, dan protozoa juga dapat ditemukan pada orang sehat. (pemburumikroba.blogspot.com/2010/09/flora-normal) Mikrobiota normal tubuh manusia yang sehat perlu diketahui karena alasan-alasan berikut: 1. Diketahuinya hal ini dapat membantu menduga macam infeksi yang mungkin timbul setelah terjadinya kerusakan jaringan pada situs-situs yang khusus. 2. Hal ini memberikan petunjuk mengenai kemungkinan sumber dan pentingnya mikroorganisme yang teramati pada beberapa infeksi klinis. Sebagai contoh, Escherichia coli tidak berbahaya di dalam usus tetapi bila memasuki kandung kemih dapat menyebabkansistitis, suatu peradangan pada selaput lendir organ ini. 3. Hal ini dapat membuat kita menaruh perhatian lebih besar terhadap infeksi yang disebabkan oleh mikroorganisme yang merupakan mikrobiota normal atau asli pada inang manusia. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mikrobiologi, 2008: 545) B. Asal Mula Mikrobiota Manusia Bila seekor hewan dilahirkan dengan pembedahan perut (caesarian operations), dan dijaga supaya tidak terjadi kontaminasi oleh mikrobe, kemudian dipelihara di suatu lingkungan bebas kuman serta diberi makan hanya makanan yang sudah disterilkan, maka hewan tersebut tidak membentuk mikrobiota. Ini merupakan bukti bahwa sampai waktu dilahirkan, janin tidak mengandung mikroorganisme. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S. Chan, Dasar-Dasar Mikrobiologi,2008: 546) Pada keadaan alamiah, janin manusia mula-mula memperoleh mikroorganisme ketika lewat sepanjang saluran lahir. Jasad-jasad renik itu diperolehnya melalui kontak permukaan, penelanan atau penghisapan. Mikrobe-mikrobe ini segera disertai oleh mikrobe-mikrobe lain dari banyak sumber yang langsung berada di sekeliling bayi yang baru lahir tersebut. Mikroorganisme yang menemukan lingkungan yang sesuai, pada permukaan luar atau dalam tubuh, dengan cepat berbiak dan menetap. Jadi di dalam waktu beberapa jam setelah lahir, bayi memperoleh flora mikrobe yang akan menjadi mikrobiota yang asli. Setiap bagian tubuh manusia, dengan kondisi lingkungan yang khusus, dihuni berbagai macam mikroorganisme tertentu. Sebagai contoh, di rongga mulut berkembang populasi mikrobe alamiah yang berbeda dengan yang ada di usus. Dalam waktu singkat, bergantung kepada faktor-faktor seperti berapa seringnya dibersihkan, nutrisinya, penerapan prinsip-prinsip kesehatan, serta kondisi hidup, maka anak tersebut akan mempunyai mikrobiota normal yang macamnya sama seperti yang ada pada orang dewasa. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mikrobiologi, 2008: 547) Walaupun seorang individu mempunyai mikrobiota yang “normal”, seringkali terjadi bahwa selama hidupnya terdapat fluktuasi pada mikrobiota ini disebabkan oleh keadaan kesehatan umum, nutrisi, kegiatan hormon, usia, dan banyak faktor lain. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mikrobiologi, 2008: 547) C. Penggolongan Flora Normal Tubuh Manusia Flora normal tubuh manusia berdasarkan bentuk dan sifat kehadirannya dapat digolongkan menjadi 2 jenis, yaitu : 1. Mikroorganisme tetap/normal (resident flora/indigenous) yaitu mikroorganisme jenis tertentu yang biasanya ditemukan pada bagian tubuh tertentu dan pada usia tertentu. Keberadaan mikroorganismenya akan selalu tetap, baik jenis ataupun jumlahnya, jika ada perubahan akan kembali seperti semula. Flora normal/tetap yang terdapat pada tubuh merupakan organisme komensal. Flora normal yang lainnya bersifat mutualisme. Flora normal ini akan mendapatkan makanan dari sekresi dan produk-produk buangan tubuh manusia, dan tubuh memperoleh vitamin atau zat hasil sintesis dari flora normal. Mikroorganisme ini umumnya dapat lebih bertahan pada kondisi buruk dari lingkungannya. Contohnya : Streptococcus viridans, S. faecalis, Pityrosporum ovale, Candida albicans. (massofa.wordpress.com, 2008) 2. Mikroorganisme sementara (transient flora) yaitu mikroorganisme nonpatogen atau potensial patogen yang berada di kulit dan selaput lendir/mukosa selama kurun waktu beberapa jam, hari, atau minggu. Keberadaan mikroorganisme ini ada secara tiba-tiba (tidak tetap) dapat disebabkan oleh pengaruh lingkungan, tidak menimbulkan penyakit dan tidak menetap. Flora sementara biasanya sedikit asalkan flora tetap masih utuh, jika flora tetap berubah, maka flora normal akan melakukan kolonisasi, berbiak dan menimbulkan penyakit. (massofa.wordpress.com, 2008) D. Peran Flora Normal Tubuh Manusia Mikroorganisme yang secara tetap terdapat pada permukaan tubuh bersifat komensal. Pertumbuhan pada bagian tubuh tertentu bergantung pada faktor-faktor biologis seperti suhu, kelembapan dan tidak adanya nutrisi tertentu serta zat-zat penghambat. Keberadaan flora tersebut tidak mutlak dibutuhkan untuk kehidupan karena hewan yang dibebaskan (steril) dari flora tersebut, tetap bisa hidup. Flora yang hidup di bagian tubuh tertentu pada manusia mempunyai peran penting dalam mempertahankan kesehatan dan hidup secara normal. Beberapa anggota flora tetap di saluran pencernaan mensintesis vitamin K dan penyerapan berbagai zat makanan. Flora yang menetap diselaput lendir (mukosa) dan kulit dapat mencegah kolonialisasi oleh bakteri patogen dan mencegah penyakit akibat gangguan bakteri. Mekanisme gangguan ini tidak jelas. Mungkin melalui kompetisi pada reseptor atau tempat pengikatan pada sel penjamu, kompetisi untuk zat makanan, penghambatan oleh produk metabolik atau racun, penghambatan oleh zat antibiotik atau bakteriosin (bacteriocins). Supresi flora normal akan menimbulkan tempat kosong yang cenderung akan ditempati oleh mikroorganisme dari lingkungan atau tempat lain pada tubuh. Beberapa bakteri bersifat oportunis dan bisa menjadi patogen. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 277-279) Selain itu, diperkirakan bahwa stimulasi antigenik dilepaskan oleh flora adalah penting untuk perkembangan sistem kekebalan tubuh normal. (pemburumikroba.blogspot.com/2010/09/flora-normal) Sebaliknya, flora normal juga dapat menimbulkan penyakit pada kondisi tertentu. Berbagai organisme ini tidak bisa tembus (non-invasive) karena hambatan-hambatan yang diperankan oleh lingkungan. Jika hambatan dari lingkungan dihilangkan dan masuk le dalam aliran darah atau jaringan, organisme ini mungkin menjadi patogen. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 279) Streptococcus viridans, bakteri yang tersering ditemukan di saluran nafas atas, bila masuk ke aliran darah setelah ekstraksi gigi atau tonsilektomi dapat sampai ke katup jantung yang abnormal dan mengakibatkan subacute bacterial endocarditis. Bacteroides yang normal terdapat di kolon dapat menyebabkan peritonitis mengikuti suatu trauma. (Staf Pengajar Fakultas Kedokteran UI, Mikrobiologi Kedokteran, 1994: 30) Spesies Bacteroides merupakan flora tetap yang paling sering dijumpai di usus besar dan tidak membahayakan pada tempat tersebut. Tetapi jika masuk ke rongga peritoneum atau jaringan panggul bersama dengan bakteri lain akibat trauma, mereka menyebabkan supurasi dan bakterimia. Terdapat banyak contoh tetapi yang penting adalah flora normal tidak berbahaya dan dapat bermanfaat bagi tubuh inang pada tempat yang seharusnya atau tidak ada kelainan yang menyertainya. Mereka dapat menimbulkan penyakit jika berada pada lokasi yang asing dalam jumlah banyak dan jika terdapat faktor-faktor predisposisi. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s,Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 279) E. Penyebaran dan Terjadinya Mikrobiota Manusia Flora normal biasanya ditemukan di bagian-bagian tubuh manusia yang kontak langsung dengan lingkungan misalnya kulit, hidung, mulut, usus, saluran urogenital, mata, dan telinga. Organ-organ dan jaringan biasanya steril. 1. Kulit Kulit secara konstan berhubungan dengan bakteri dari udara atau dari benda-benda, tetapi kebanyakan bakteri ini tidak tumbuh pada kulit karena kulit tidak sesuai untuk pertumbuhannya. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mikrobiologi, 2008: 548) Kulit manusia terlihat lebih mudah pecah atau rusak bila dibandingkan dengan kulit hewan, seperti badak, gajah, dan kura-kura. Namun kulit manusia memiliki sifat sebagai pertahanan (barier) yang sangat efektif terhadap infeksi. Dalam kenyataanya, tidak ada bakteri yang dapat menembus kulit utuh yang “telanjang” tanpa pelindung. Kulit bersifat sedikit asam dengan pH 5 % dan memiliki temperatur kurang dari 37°C. Lapisan sel-sel yang mati akan membuat permukaan kulit secara konstan berganti sehingga bakteri yang berada dibawah permukaan kulit tersebut akan juga dengan konstan terbuang dengan sel mati. Lubang-lubang alami yang terdapat di kulit, seperti pori-pori, folikel rambut, atau kelenjar keringat memberikan suatu lingkungan yang mendukung pertumbuhan bakteri. Namun lubang-lubang tersebut secara alami dilindungi oleh lisozim (enzim yang dapat merusak peptidoglikan bakteri yang merupakan unsur utama pembentuk dinding sel bakteri gram positif) dan lipida toksik. Pelindung lain terhadap kolonialisasi kulit oleh bakteri patogen adalah mikroflora normal kulit. Mikroflora tersebut merupakan suatu kumpulan dari bakteri nonpatogen yang normal berkolonisasi pada setiap area kulit yang mampu mendukung pertumbuhan bakteri. Bakteri patogen yang akan menginfeksi kulit harus mampu bersaing dengan mikroflora normal yang ada untuk mendapatkan tempat kolonisasi serta nutrien untuk tumbuh dan berkembang. Mikroflora normal kulit terutama terdiri dari bakteri gram positif. Tetapi bakteri gram negatif seperti Escherichia coli yang habitatnya ada di dalam usus manusia, juga bisa terdapat pada kulit manusia karena adanya kontaminasi kotoran manusia. Walaupun ada pertahanan tersebut di atas, beberapa bakteri patogen dapat berkolonisasi sementara pada kulit dan dapat mengambil manfaat dari luka yang ada pada permukaan kulit untuk memperoleh jalan masuk ke jaringan yang ada di bawah kulit. Di bawah kulit, mereka akan menghadapi sejumlah sel yang telah terspesifikasi yang disebut dengan skin-associated lymphoid tissue (SALT). Fungsi SALT adalah mencegah bakteri patogen tidaksampai ke area yang lebih jauh di bawah kulit dan mencegah mereka tidak sampai ke aliran darah. Relatif sedikit yang diketahui tentang sel-sel yang menyusun SALT. Salah satu tipe selnya adalah sel yang memaparkan antigen yang terspesialisasi yang membantu tipe sel yang lain, specialized skin- seeking lymphocyte, untuk memproduksi antibodi. Sel-sel limfosit tersebut juga memproduksi sitokin, protein yang merangsang sel-sel dari sistem imun dan memiliki sejumlah efek lain. Komponen SALT yang lain adalah keratinosit yang banyak terdapat pada lapisan epidemis dan bertanggung jawab untuk memelihara lingkungan mikrokulit yang bersifat asam. Keratinosit memproduksi sitokin dan juga mampu untuk ingesti dan membunuh bakteri.. Pentingnya pertahanan kulit ini diilustrasikan paling baik denganpengaruh luka bakar yang parah, yang akan mengeliminasi semua bentuk pertahanan kulit termasuk SALT. Seseorang yang mengalami luka bakar tingkat dua dan tiga yang ekstensif dan orang yang bertahan hidup dari trauma inisial yang berhubungan dengan luka bakar masih belum terbebas dari bahaya. Banyak korban luka bakar mati karena infeksi bakterial yang terjadi sebelum kulit terbakar mengalami penyembuhan. Hilangnya pertahanan kulitdan tereksposnya lapisan jaringan di bawah kulit yang basah dan kaya nutrien merupakan hal yang ideal untuk kolonisasi bakteri pada area yang terbakar. Penyebab yang paling umum pada infeksi kulit yang terbakar adalah Pseudomonas aeruginosa dan Staphylococcus aureus, dua spesies bakteri yang terdapat di mana-mana pada lingkungan rumah sakit. Kedua spesies jugadikenal resisten terhadap antibiotik. Antibiotik paling efektif bila aksiantibakterial mereka didukung dengan aktivitas pembunuhan oleh sistem imun. Efek kombinasi dari kerusakan SALT dan resistensi alami bakteri telah membuat infeksi luka bakar sulit untuk ditangani dengan efektif. Infeksi tersebut merupakan suatu penyebab utama kematian di antara penderita luka bakar. Bahkan, bila tidak bersifat fatal, infeksi bakterial pada jaringan yang terbakar meningkatkan jumlah kerusakan jaringan dan mencegah penyembuhan area kulit yang terbakar. Pada umumnya beberapa bakteri yang ada pada kulit tidak mampubertahan hidup lama karena kulit mengeluarkan substansi bakterisida. Sebagai contoh, kelenjar keringat mengekskresikan lisozim, suatu enzim yang dapat menghancurkan dinding sel bakteri. Kelenjar lemak mengekskresikan lipid yang kompleks, yang mungkin diuraikan sebagian oleh beberapa bakteri; asam-asam lemak yang dihasilkannya sangat beracun bagi bakteri-bakteri lainKebanyakan bakteri kulit di jumpai pada epitelium yang seakan-akan bersisik (lapisan luar epidermis), membentuk koloni pada permukaan sel-sel mati. Kebanyakan bakteri ini adalah spesiesStaphylococcus (kebanyakan S. epidermidis dan S. aureus) dan sianobakteri aerobik, atau difteroid. Jauh di dalam kelenjar lemak dijumpai bakteri-bakteri anaerobik lipofilik, seperti Propionibacterium acnes, penyebab jerawat. Jumlahnya tidak dipengaruhi oleh pencucian. Faktor-faktor yang berperan menghilangkan flora sementara pada kulit adalah pH rendah, asam lemak pada sekresi sebasea dan adanya lisozim. Berkeringat yang berlebihan atau pencucian dan mandi tidak menghilangkan atau mengubah secara signifikan flora tetap. Jumlah mikroorganisme permukaan mungkin berkurang dengan menggosok secara kuat setiap hari dengan sabun yang mengandung heksakloforen atau desinfektan lain, namun flora secara cepat muncul kembali dari kelenjar sebasea dan keringat, meskipun tidak ada hubungan secara total terhadap kulit bagian lain maupun lingkungan. Penggunaan tutup rapat pada kulit cenderung menyebabkan populasi mikrobiota secara keseluruhan sangat meningkat dan dapat menimbulkan perubahan kualitatif flora kulit. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 279) Bakteri anaerob dan aerob sering bersama-sama menyebabkan infeksi sinergistik (gangrene, fasciitis nekrotik = necrotizing fasciitis), selulitis dari kulit dan jaringan lunak. Bakteri-bakteri tersebut merupakan bagian dari flora normal. Sering sulit menentukan suatu organisme yang spesifik bertanggung jawab terhadap lesi progresif, karena terdapat banyak organisme yang berperan. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology),2005: 279-280) 2. Hidung dan Nasofaring (“nasopharynx”) Flora utama hidung terdiri dari korinebakteria, stafilokokus (S. epidermidis, S. aureus) dan streptokokus. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 280) Pemusnahan flora normal faring dengan penisilin dosis tinggi dapat menyebabkan over growth: bakteria negatif Gram sepertiEscherichia coli, Klebsiella, Proteus, Pseudomonas atau jamur.(Staf Pengajar Fakultas Kedokteran UI, Mikrobiologi Kedokteran,1994: 31) 3. Mulut Kelembapan yang paling tinggi, adanya makanan terlarut secara konstan dan juga partikel-partikel kecil makanan membuat mulut merupakan lingkungan ideal bagi pertumbuhan bakteri. Mikrobiota mulut atau rongga mulut sangat beragam; banyak bergantung pada kesehatan pribadi masing-masing individu. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 549) Diperolehnya mikrobiota mulut. Pada waktu lahir, rongga mulut pada hakikatnya merupakan suatu inkubator yang steril, hangat, dan lembap yang mengandung sebagai substansi nutrisi. Air liur terdiri dari air, asam amino, protein, lipid, karbohidrat, dan senyawa-senyawa anorganik. Jadi, air liur merupakan medium yang kaya serta kompleks yang dapat dipergunakan sebagai sumber nutrien bagi mikrobe pada berbagai situs di dalam mulut. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi,2008: 549-550) Beberapa jam sesudah lahir, terdapat peningkatan jumlah mikroorganisme sedemikian sehingga di dalam waktu beberapa hari spesies bakteri yang khas bagi rongga mulut menjadi mantap. Jasad-jasad renik ini tergolong ke dalam genus Streptococcus, Neisseria, Veillonella, Actinomyces, dan Lactobacillus. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 551) Jumlah dan macam spesies ada hubungannya dengan nutrisi bayi serta hubungan antara bayi tersebut dengan ibunya, pengasuhnya, dan benda-benda seperti handuk serta botol-botol susunya. Spesies satu-satunya yang selalu diperoleh dari rongga mulut, bahkan sedini hari kedua setelah air, ialah Streptococcus salivarius. Bakteri ini mempunyai afinitas terhadap jaringan epithelial dan karena itu terdapat dalam jumlah besar pada permukaan lidah. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 552) Sampai munculnya gigi, kebanyakan mikroorganisme di dalam mulut adalah aerob atau anaerob fakultatif. Ketika gigi pertama muncul, anaerob obligat seperti Bacteroides dan bakteri fusiform(Fusiobacterium sp.), menjadi lebih jelas karena jaringan di sekitar gigi menyediakan lingkungan anaerobik. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 552) Gigi itu sendiri merupakan tempat bagi menempelnya mikrobe. Ada dua spesies bakteri yang dijumpai berasosiasi dengan permukaan gigi: Streptococcus sanguis dan S. mutans. Yang disebutkan terakhir ini diduga merupakan unsur etiologis (penyebab) utama kerusakan gigi, atau pembusuk gigi. Tertahannya kedua spesies ini pada permukaan gigi merupakan akibat sifat adhesif baik dari glikoprotein liur maupun polisakaride bakteri. Sifat menempel ini sangat penting bagi kolonialisasi bakteri di dalam mulut. Glikoprotein liur mampu menyatukan bakteri-bakteri tertentu dan mengikat mereka pada permukaan gigi. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 552) Baik S. sanguins maupun S. mutans menghasilkan polisakaride ekstraselular yang disebut dekstrans yang bekerja seperti perekat, mengikat sel-sel bakteri menjadi satu dan juga melekatkan mereka pada permukaan gigi. Tertahannya bakteri dapat juga terjadi karena terperangkapnya secara mekanis di dalam celah-celah gusi, atau di dalam lubang dan retakan gigi. Agregasi bakteri semacam itu serta bahan organik pada permukaan gigi disebut plak (“plague”). (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi,2008: 552) Plak adalah sebuah film/lapisan sel bakteri, yang berlabuh di sebuah matriks polisakarida disekresi oleh mikroorganisme. Apabila gigi tidak dibersihkan secara teratur, plak dapat terbentuk dengan cepat dan aktivitas bakteri tertentu, terutamaStreptococcus mutans, dapat menyebabkan kerusakan gigi (rongga). Prevalensi karies berhubungan dengan diet. Karies merupakan suatu kerusakan gigi yang dimulai dari permukaan dan berkembang ke arah dalam. Pertama, permukaan email gigi yang seluruhnya non seluler, mengalami demineralisasi. Ini merupakan akibat dari produk fermentasi bakteri yang bersifat asam. Kemudian terjadi dekomposisi dentin dan semen yang melibatkan digesti matriks protein oleh bakteri. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology),2005: 280) Langkah pertama yang penting pada karies adalah pembentukan plak pada permukaan email yang keras dan halus. Plak ini terutama terdiri atas endapan-endapan gelatin dan glukan yang mempunyai berat molekul tinggi, tempat bakteri penghasil asam melekat pada email. Langkah kedua yang penting dalam pembentukan karies adalah pembentukan asam (pH < 5) dari karbohidrat dalam jumlah besar oleh streptokokus dan laktobasil dalam plak. Konsentrasi asam yang tinggi mengakibatkan demineralisasi.email tempat melekat dan menimbulkan karies. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s,Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 280) Terjadinya karies juga tergantung pada faktor-faktor genetik, hormonal, gizi, dan faktor lainnya. Pengendali karies gigi meliputi pembuangan plak, pembatasan makanan yang mengandung sukrosa, gizi yang baik mengandung cukup protein dan pengurangan pembentukan asam dalam mulut dengan cara membatasi keberadaan karbohidrat dan pembersihan mulut yang sering. Pemakaian flourida pada gigi atau peningkatan jumlah fluor pada air mengakibatkan peningkatan resistensi email terhadap asam. Pengendalian penyakit periodontal memerlukan pembuangan karang gigi dan kebersihan mulut. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology),2005: 281) ‘Periodontal pockets’ dalam gingival terutama merupakan sumber utama organism, termasuk anaerobic, yang jarang ada di tempat lain. Meskipun organisme ini dapat berperan pada penyakit periodontal dan destruksi jaringan, perhatian yang lebih, perlu dipikirkan bila ditemukan kolonialisasi di tempat lain, misalnya timbulnya endokarditis infektif atau bakterimia pada penderita dengan granulopeni. Contohnya spesies Capnocytophaga danRothia dentocariosa. Capnocytophaga berbentuk fusiform, gram negatif, anaerob yang mudah bergerak spesies Rothia bersifat pleomorfik aerob dan berbentuk batang Gram positif. Keduanya mungkin berperan dalam kompleks flora mikrobia dari penyakit periodontal dengan destruksi tulang dominan. (Jawetz, Melnick, dan Adelberg’s, Mikrobiologi Kedokteran (Medical Microbiology), 2005: 281) 4. Orofaring (“oropharinx”) Orofaring (bagian belakang mulut) juga dihuni sejumlah besar bakteri Staphylococcus aureus dan S. epidermidis dan juga difteroid. Tetapi kelompok bakteri terpenting yang merupakan penghuni asli orofaring ialah streptokokus α-hemolitik, yang juga dinamakan Streptokokus viridans. Biakan yang ditumbuhkan dari orofaring juga akan memperlihatkan adanya Branchamella catarrhalis, spesies Haemophilus, serta gular-galur pneumokokus avirulen (Streptococcus pneumonia). (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi,2008: 554-555) Bagian terdalam saluran pernapasan (ranting tenggorok atau bronkiole yang lebih halus serta alveoli atau gelembung paru-paru) tidak mengandung mikroorganisme. Hal ini disebabkan karena saluran pernapasan berlapiskan silia, yaitu embel-embel seperti rambut, yang menyapu mikroorganisme dan bahan-bahan lain dari bagian sebelah dalam saluran ke bagian sebelah atas untuk dibuang. Rambut bersama dengan lendir di dalam lubang hidung itulah yang pertama-tama membantu melindungi saluran pernapasan dengan cara menyaring bakteri dari udara yang dihirup. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi,2008: 555) 5. Usus Kecil Usus kecil bagian atas (atau usus dua belas jari) mengandung beberapa bakteri. Di antara yang ada, sebagian besar adalah kokus dan basilus gram positif. Di dalam jejunum atau usus halus kosong (bagian kedua usus kecil, di antara usus dua belas jari dan ileum atau usus halus gelung) kadang kala dijumpai spesies-spesies enterokokus, laktobasilus, dan difteroid. Khamir Candida albicansdapat juga dijumpai pada bagian usus kecil ini. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 556) Pada bagian usus kecil yang jauh (ileum), mikrobiota mulai menyerupai yang dijumpai pada usus besar. Bakteri anaerobik dan enterobakteri mulai nampak dalam jumlah besar. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 555) 6. Usus Besar Di dalam tubuh manusia, kolon atau usus besar, mengandung populasi mikrobe yang terbanyak. Telah diperkirakan bahwa jumlah mikroorganisme di dalam spesimen tinja adalah kurang lebih 1012 organisme per gram. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 556) Basilus gram negatif anaerobik yang ada meliputi spesiesBacteroides (B. fragilis, B. melaninogenicus, B. oralis) danFusobacterium. Basilus gram positif diwakili oleh spesies-spesiesClostridium (termasuk Cl. Perfringens yang mempunyai kaitan dengan kelemayuh, suatu infeksi jaringan disertai gelembung gas dan keluar nanah) serta spesies-spesies Lactobacillus. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 557) Sangatlah menarik perhatian bahwa mikrobiota usus seorang bayi yang disusui oleh ibunya hampir seluruhnya terdiri dari laktobasilus. Dengan diberikan susu botol, jumlah laktobasilus menurun dan akhirnya, dengan diberikannya makanan padat serta nutrisi tipe dewasa, maka mikrobiota gram negatif menjadi predominan. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi,2008: 557) Spesies-spesies anaerobik fakultatif yang dijumpai di dalam usus tergolong dalam genus Escherichia, Proteus, Klebsiella, danEnterobacter. Peptostreptokokus (streptokokus anaerobik) juga umum. Khamir Candida albicans juga dijumpai. (Michael J. Pelczar, Jr. dan E.C.S Chan, Dasar-Dasar Mirobiologi, 2008: 552) Flora saluran pencernaan berperan dalam sintesis vitamin K, konversi pigmen empedu dan asam empedu, absorpsi zat makanan serta antagonis mikroba patogen.